ご認識の通り、R8年度から使途の規定が変更されています。
R7年度までは「対象職員の賃金の改善」という規定であり、基本給等の引上げに限定されていなかったため、賞与のみでの充当も可能でした。
しかしR8年度からは「基本給又は決まって毎月支払われる手当の引上げ及びそれに伴う賞与、時間外手当、法定福利費等の増加分」と明確化されました。
つまり、R8年度以降は基本給等の引上げが前提であり、賞与のみでBU評価料を充当することはできません。
ただし、基本給等を引き上げた結果として連動して増加する賞与分は、引き続きBU評価料の収入から充当できます。
なお「基本給を増額すれば連動して賞与も増額される」場合、その賞与増額分はBU評価料の使途として認められます。
まとめますと、R8年度以降は「まず基本給等を引き上げる → その結果増える賞与等もBU評価料で充当可能」という順序になります。
賞与の増額分だけを単独でBU評価料で賄うことはできなくなりましたので、ご注意ください。

届出前にベースアップを実施し、給与支払い実績を作れば可能と思われます。
施設基準通知の文言は「所定率以上のベア等を行った保険医療機関」であり、届出時点で既にベースアップが実施済みであることが必要です。したがって「これから行う予定」や「誓約」では要件を満たしません。
具体的には、申請前の月にR6年3月比で5.5%以上（看護補助者・事務職員は8%以上）のベースアップを反映した給与を支給し、翌月に様式95＋様式98（R6年3月との比較資料）を届出すれば、高い点数での算定が可能と思われます。

まず医院でどのようにベースアップ分を職員へ還元しているかで考えると分かりやすいです。（※実際の点数は、医科点数で説明）

ベースアップ評価料の還元方法には、大きく分けて次の2つの考え方があります。

先生の医院は、おそらく固定制に近い考え方だと思います。

この場合、考え方としては、令和7年度までに固定で支給していたベースアップ分をまず「既に実施済みの賃上げ」として維持します。

そのうえで、令和8年6月以降に点数が増えたことによる追加収入を、今回の改定による追加の賃上げ原資として見ます。

つまり、先生のおっしゃる趣旨のとおり、固定制で整理する場合は、初診23点・再診6点を丸ごと新たに上乗せするのではなく、従来点数との差額である初診17点・再診4点分を、今回の追加的な賃金改善の原資として考える形になります。

ただし、実際の確認は、点数差をそのまま個別に配るというより、差額分を基礎に、追加した基本給等の引上げ額と、それに伴う賞与・時間外手当・法定福利費等の増加分に充ててよいことになっておりますので、事前の計算方法は工夫が必要です。

なお具体的には、令和8年5月までは初診6点、再診2点だったものが、令和8年6月以降、継続的賃上げ実施施設では初診23点、再診6点になります。

また、報告上も同じ考え方です。 賃金改善実績は、給与総額をそのまま報告するのではなく、賃金改善前の給与体系で計算した場合の基本給等総額と、実際の基本給等総額との差額で確認すると整理されています。

したがいまして、固定制で管理している場合は、

を分けて確認するのが安全です。

結論としまして、先生の医院では、これまでの固定ベースアップ分を維持したうえで、令和8年6月以降に増えた初診17点・再診4点相当を中心に、追加の賃金改善として整理するのが実務上分かりやすいと思います。